La Dirección de Protección Ambiental y Desarrollo de Energías está integrada por las siguientes áreas:
Tiene a su cargo la evaluación de estudios y proyectos en materia de residuos sólidos urbanos (RSU) y de manejo especial (RME). De la misma manera, participa con las dependencias e instituciones de los tres órdenes de gobierno para realizar actividades de prevención y control de la contaminación generada por el manejo de los residuos sólidos urbanos; realiza la capacitación a los Ayuntamientos en materia de residuos sólidos urbanos.
Se encarga de otorgar o negar la autorización para la realización de obras o actividades que conforme a la Ley Ambiental para el Estado de Chiapas y sus reglamentos la requieran, a través de la evaluación de estudios de impacto y/o riesgo ambiental.
Se encarga de desarrollar y gestionar proyectos en materia de eficiencia energética bajo la aplicación de tecnologías adecuadas, propuestas para el uso de las energías alternas en el Estado aprovechando los recursos naturales existentes, así como brindar asesorías a los municipios en los temas de alumbrado público y eficiencia energética.
Se encarga de planear y coordinar el monitoreo de la calidad de los afluentes contaminantes y sus cuerpos receptores, con la finalidad de evaluar la contaminación en agua y suelo; estableciendo un sistema de información ambiental.
