El proyecto “Conservación del Manatí (Trichechus manatus) en los Humedales del Norte de Chiapas” tiene antecedentes desde el año 1995 cuando el Gobierno del Estado de Chiapas implementó el proyecto “Protección, Conservación y Manejo Sustentable de la Ictiofauna y del Manatí (Trichechus m. manatus)”. En 1996 se pone en marcha un proyecto para evaluar las poblaciones de manatí en la Laguna; dicho proyecto surge a raíz que en el año anterior se realizó el rescate de 17 manatíes en La Laguna de San Juan y que fueron liberados con éxito en la laguna principal de Playas de Catazajá. Este suceso motivó la declaratoria del 7 de septiembre como Día Nacional del Manatí en el 2001. En ese mismo año, mediante decreto honorario del Ayuntamiento municipal de Catazajá, se nombra a la Laguna Grande de Catazajá como Santuario del Manatí.
Actualmente el proyecto se encuentra adscrito a la Dirección de Áreas Naturales y Vida Silvestre, teniendo como objetivo el contribuir a la conservación y protección de la población del manatí y su hábitat en el estado de Chiapas, a través de la implementación de diferentes actividades realizadas en zonas de distribución de la especie. Para ello, se realizan recorridos de monitoreo y vigilancia acuática para la estimación de abundancia, así mismo cuando es necesario se dan atenciones a contingencias de manatíes como varamientos vivos y atención de muertes, en el cual se colectan muestras biológicas de los ejemplares. Como parte de las actividades se imparten talleres de sensibilización ambiental en diferentes comunidades, estos talleres son dirigidos a la sociedad civil, dando prioridad a centros educativos y cooperativas pesqueras. También se han realizados rescates de crías huérfanos de manatíes que se encontraron en condiciones desfavorables de salud, mismos que se pretenden rehabilitar para en un futuro regresarlos a su hábitat.
