El proyecto “Conservación del Manatí (Trichechus manatus) en los Humedales del Norte de Chiapas” se remonta al año 1995, cuando el Gobierno del Estado de Chiapas implementó el proyecto “Protección, Conservación y Manejo Sustentable de la Ictiofauna y del Manatí (Trichechus m. manatus)”. Un año más tarde, en 1996, se pone en marcha un proyecto para evaluar las poblaciones de manatí en la laguna, mismo que surge a raíz del rescate de 17 manatíes en La Laguna de San Juan en 1995 y que fueron liberados con éxito en la laguna principal de Playas de Catazajá. Este suceso tuvo un gran impacto y motivó la declaratoria del 7 de septiembre como Día Nacional del Manatí en el 2001. En ese mismo año, mediante decreto honorario del Ayuntamiento municipal de Catazajá, se nombra a la Laguna Grande de Catazajá como Santuario del Manatí.
Actualmente, el proyecto se encuentra a cargo de la Dirección de Áreas Naturales y Vida Silvestre, teniendo como objetivo contribuir a la conservación y protección de la población del manatí y su hábitat en el estado de Chiapas, a través de la implementación de diferentes actividades realizadas en las zonas de distribución de la especie. Entre estas acciones se realizan recorridos de monitoreo y vigilancia acuática para la estimación de abundancia de la especie, así mismo se atienden contingencias como los varamientos de ejemplares vivos y atención de individuos muertos, cuando esto sucede, se colectan muestras biológicas de los ejemplares que contribuyan a desarrollar acciones preventivas y de generación de conocimiento para fortalecer su conservación. Asimismo, como parte de las actividades de conservación de la especie, se imparten talleres de sensibilización ambiental en diferentes comunidades, dirigidos a la sociedad civil, dando prioridad a centros educativos y cooperativas pesqueras. Complementariamente, se estableció el Centro de Conservación para la Investigación y Atención del Manatí conocido coloquialmente como Manatiario, el cual tiene como objetivo recuperar la población de manatí en Chiapas, mediante la implementación y promoción de acciones de rescate, rehabilitación e investigación científica. Entre las principales acciones de este Manatiario, se cuenta el rescate de crías huérfanas de manatíes que se encontraron en condiciones desfavorables de salud y que actualmente se encuentran en rehabilitación para en un futuro ser liberados a su hábitat natural.